Na temporada 2003/04, Totti estabelece o seu recorde pessoal de finalizações, fazendo 20 golos, enquanto que na época seguinte alcança um recorde preciosíssimo: 107 gols a favor da A.S.Roma, ultrapassando Pruzzo, ficando assim, como o melhor marcador da história da equiopa romana.
Na primavera de 2005, renovou seu contrato com a Roma até ao ano de 2010, com o principal motivo de estar na sua equipa do coração, e calando, de uma vez por todas, os boatos que mencionavam uma suposta transferência para o Real de Madrid.
No dia 19 de Fevereiro de 2006, ao sétimo minuto do jogo Roma- Empoli, uma bruta queda causada pelo defesa Vanigli fez com que Francesco fracturasse o perónio e ficasse de fora dos relvados por mais de dois meses. O seu regresso ocorreu na final da Taça de Italia contra a Inter de Milão, e então Totti esteve disponível para disputar e ganhar a Copa do Mundo com a Seleção Italiana, nesse mesmo ano.